Последующее заседание собора в 1940 году не состоялось из-за оккупации страны нацистами.

Чехословацкая гуситская церковь потеряла в 1938-1939 годах около четверти своих конгрегаций.

Начиная с 1940 года в Протекторате Богемии и Моравии нельзя было занимать свободные епископские места. Жертвами нацистских репрессий стали тысячи членов Чехословацкой гуситской церкви. В концентрационных лагерях и тюрьмах были заключены 18 церковнослужителей. Некоторые из них оттуда не вернулись.

Политический кризис привел 25 февраля 1948 года к открытому захвату власти коммунистами. Территория Чехословакии была разделена на 9 участков, к этому должна была приспособиться и церковь. Были приняты законы, которые позволяли контролировать церковь.

В 1971 году к названию церкви было добавлено Гуситская. На заключительном этапе были приняты Основы веры, написанные в 1958 году.

В 1989 году, так называемая, бархатная революция стала переломным моментом для политической и социальной сфер. Появились новые перспективы развития церкви. Богословский факультет Яна Гуса вошел в состав Карлова Университета.