Die nächste Sitzung der Versammlung im Jahr 1940 wegen der Nazi-Okkupation des Landes statt.

Tschechoslowakische Kirche in 1938-1939 rund ein Viertel ihrer religiösen Gemeinschaften verloren.

Seit 1940 war der Deutsche Protektorat Böhmen und Mähren erlaubt, den leeren Raum Episcopal besetzen. Unter den Opfern der NS-Verfolgung, Tausende von Mitgliedern der CCS. In den Konzentrationslagern und Gefängnissen wurde achtzehn Klerus gehalten, einige von ihnen nie zurück.

Die politische Krise hat bis zum 25. geführt eröffnet im Februar 1948 kommunistischen Machtübernahme. Das Territorium der Tschechoslowakei wurde später in neun Regionen und neue Bezirke unterteilt und es musste auf die Organisation der Kirche anzupassen. Wurden Gesetze, die Überwachung der Kirchen erlauben ausgestellt.

Im Jahr 1971, fügte der Kirche ein name-Attribut Hussiten. Für doktrinäre Standards wurden Foundations (geschrieben 1958) angenommen.

Die sogenannten Samtenen Revolution des Jahres 1989 brachte eine Wende in der politischen und gesellschaftlichen Rahmenbedingungen. Sie wurden an den Aussichten für die künftige Leben und die Arbeit der Kirche suchen. Hussitischen Theologischen Fakultät wurde in die Karlsuniversität integriert.