В 1967-69 годах церковь была реконструирована, были отреставрированы все интерьеры и экстерьеры, включая скульптуры.

Начиная с 1920 года, костел святого Николая служит чехословацкой гуситской церкви.

После перестройки церковь занимает квартал между Парижской и Маисловой улицами и является одной из доминант Старомнестской площади.