V letech 1967-1969 došlo k rozsáhlé rekonstrukci kostela, obnovení a restaurování interiéru i exteriéru.

Od roku 1920 slouží kostel sv. Mikuláše Církvi československé husitské.

Po asanaci uzavírá dnes kostel blok domů mezi Pařížskou a Maiselovou ulicí a vytváří jednu z dominant Staroměstského náměstí.