Первые упоминания о церкви Святого Николая относятся к 1273 году. Первоначальный романский приходский костел имел большие традиции проповедования: начиная с 1368 года, здесь проповедовал Ян Милич из Кромержижа, Матей из Янова и другие.

Вероятно, что в 1497 году церковь имела две башни, кладбище, костницу и приходскую школу.

Когда Фердинанд III решил позвать в Прагу бенедиктинцев из Испании, они получили Эммаусский монастырь. Местные бенедиктинцы в 1635 году переселились в церковь Святого Николая и построили себе монастырь там. Первоначальный костел был снесен, а в 1732 году началась стройка новой церкви (при аббате А. Влаха).

Архитектором новой церкви был Килиан Игнац Динценхофер. Здание относится к его лучшим работам и особенно привлекает сложными формами внутренних помещений и необычной подсветкой.

В 1737 году вновь отстроенная церковь была освящена. Изначально вся церковь была окружена домами, которых уже не существует. В соответствии с реформами Йозефа II в октябре 1789 года (после сноса монастыря в 1785 году) здания конвента и церковь были проданы, но в 1792 году мэрия выкупила церковь обратно.