První zmínky o kostelu sv. Mikuláše nacházíme v pramenech k roku 1273. Původní románský farní kostel měl velkou kazatelskou tradici – od roku 1368 zde působil Jan Milíč z Kroměříže, Matěj z Janova a další. V roce 1497 měl kostel pravděpodobně dvě věže, mimo hřbitov při něm stála kostnice a farní škola s farou.

Ferdinand lll. se rozhodl pozvat do Prahy benediktiny se Španělska a ti získali emauzský klášter, tamní benediktini se v roce 1635 přestěhovali do kostela sv. Mikuláše a zbudovali zde klášter. Původní kostel byl zbourán a nový začali stavět za opata Anselma Vlacha roku 1732. Projekt nového kostela navrhnul architekt Kilián Ignác Dienzenhofer. Stavba patří k jeho vrcholným dílům a poutá zejména komplikovaně utvářeným vnitřním prostorem se zajímavou světelnou režií. Roku 1737 byl nově postavený kostel vysvěcen. Celý kostel byl původně obestaven budovami, které vzaly za své při asanaci na konci 19. století.

V souvislosti s reformami Josefa II. byly po zrušení kláštera roku 1785 budovy konventu s kostelem v říjnu 1789 rozprodány, ale v roce 1792 magistrát odkoupil kostel zpět pro obecní potřeby.

Po roce 1865 pronajala obec kostel moskevskému Slovanskému dobročinnému výboru a byl upraven k pravoslavným bohoslužbám. V té době byly zamalovány původní fresky a vznikly nové. Klášterní budovy byly roku 1897 zbourány a po roce 1904 byl z této strany kostel nově upraven v neobarokním stylu.