Конгрегация – это основная организационная единица Чехословацкой гуситской церкви. Во главе конгрегации стоит совет прихожан и духовное лицо.

В Чехословацкой гуситской церкви имеется 350 священников, которые заботятся о духовном развитии доверенных им общин.