Kostel je prodlouženou centrálou na obdélníkovém půdorysu. Střední část je zaklenuta kupolí nad osmibokým tamburem, na západní straně je doplněna oválným prostorem předsíně a varhaní kruchty, půlkruhově uzavřený presbytář na východní straně lemují obdélné patrové přístavky.

V přízemí se pilířové podpory otevírají do bočních průchozích kaplí. Celý vnitřní prostor kostela obíhá ochoz a balkony se vzdutým kovaným zábradlím.

V interiéru kostela nacházíme štukovou výzdobu a mnoho fresek. Štuková výzdoba je dílem Bernarda Spinettiho. Fresky, které oslavují patrona kostela sv. Mikuláše a zakladatele řehole sv. Benedikta, vytvořil bavorský malíř Kosmas Damián Assam v letech 1735-36. Postavy evangelistů jsou však z konce 19. století.

V nikách tamburu je umístěno 8 figur benediktinských světců a světic. V přízemí jsou ve výklencích sochy sv. Jiří a archanděla Michaela.